En nødvendig følge av vannkraftproduksjon er at vannet renner annerledes i vassdragene våre. Når vann fjernes fra et vassdrag, vil de fysiske forholdene endre seg.

Vannmengden som blir igjen i elvene er ofte avgjørende for hvor omfattende miljøvirkningene blir av en vannkraftregulering. Miljøtilpasset drift av vannkraftverk kan gjøre vannkraft til en meget miljøvennlige energiform med hensyn til både forurensing, biologisk mangfold og arealbruk pr KWh, sammenlignet med annen elektrisitetsproduksjon.

Habitatmodellering og restaurering av vassdrag er viktige tema i forbindelse med vannkraftureguleringer.